Nezabezpečená a zabezpečená verze jedné služby se chovají duálně — tzn. de facto se jedná o dva různé způsoby přístupu k témuž serveru a uživatel (klient) má možnost volby, který z nich použít. Z hlediska bezpečnosti a ochrany soukromí jednoznačně doporučujeme používat zabezpečenou komunikaci, poštovní klient ji ovšem musí podporovat.
IMAP a HTTP přistupují identickým způsobem k téže IMAP schránce. Tyto dvě služby lze používat současně (střídavě) bez jakýchkoliv omezení a rizik. POP3 a IMAP (resp. HTTP) přistupují do téže fyzické schránky, ale protože protokol POP3 nepodporuje složky, „vidí“ pouze zprávy ve složce INBOX (systémová složka pro příchozí zprávy), do níž jsou všechny příchozí zprávy ukládány. POP3 také stahuje zprávy ze serveru na klienta. Proto mohou nastat následující komplikace:
Jestliže se uživatel přihlásí do schránky nejprve protokolem POP3, zprávy ze složky INBOX budou staženy na jeho počítač. Po přihlášení protokolem IMAP tyto zprávy na serveru již nenalezne.
Přihlásí-li se uživatel nejprve protokolem IMAP (či HTTP) a přesune ručně zprávy do jiné složky, pak už je nebude možné protokolem POP3 stáhnout.
Má-li uživatel nastavena taková pravidla pro zprávy, aby se všechny zprávy přesouvaly do jiných složek, nebude možné protokolem POP3 stáhnout žádnou zprávu.