Poměrně častým případem bývá, že je Kerio MailServer nainstalován v lokální síti chráněné firewallem, případně přímo na počítači, kde firewall běží. Správce systému pak musí, kromě vlastní konfigurace poštovního serveru, provést ještě některá doplňující nastavení.
Má-li být poštovní server přístupný z Internetu, je třeba ve firewallu otevřít (tzv. mapovat) některé porty. Obecně lze říci, že každý mapovaný port znamená díru v zabezpečení, a tedy čím méně mapovaných portů, tím lépe.
Při mapování portů pro Kerio MailServer je vhodné dodržet následující pravidla a doporučení:
Port 25 musí být mapován, jestliže má být zvenčí přístupný SMTP server. To je nutné, je-li na tento server nasměrován primární MX záznam pro danou doménu (či více domén). V tomto případě je bezpodmínečně nutné nastavit antispamovou ochranu (vizte kapitolu 13 Antispamová kontrola SMTP serveru) a řízení přístupu (vizte kapitolu 12.2 SMTP server), aby nemohlo dojít ke zneužití serveru. Na port SMTP serveru se může legálně připojit libovolný SMTP server v Internetu, chce-li odeslat e-mail do některé z lokálních domén. Z tohoto důvodu nesmí být na mapovaný port 25 omezen přístup pouze z vybrané skupiny IP adres.
Je-li veškerá příchozí pošta pouze vybírána ze vzdálených POP3 schránek, není třeba port 25 mapovat.
Porty ostatních služeb (POP3, IMAP, HTTP, LDAP a Secure LDAP) je třeba mapovat tehdy, pokud chtějí klienti přistupovat ke svým schránkám odjinud než z chráněné lokální sítě (typický případ je mobilní uživatel s notebookem). V tomto případě je silně doporučeno používat výhradně zabezpečené verze všech služeb a na firewallu povolit pouze porty pro tyto služby (tedy 636, 443, 993, 995).
Je-li možné definovat subsítě či rozsahy IP adres, odkud se vzdálení klienti připojují, doporučuje se také omezit přístup k mapovaným portům pouze z těchto adres. Toto je bohužel nerealizovatelné, pokud se zmíněný mobilní uživatel pohybuje po celém světě a připojuje se náhodně k různým poskytovatelům Internetu.
Běží-li Kerio MailServer a firewall na tomtéž počítači, který je připojen k Internetu vytáčenou linkou, může vzniknout požadavek, aby poštovní server používal jiné telefonické připojení (např. k jinému poskytovateli) než firewall pro přístup k Internetu. Pak ale firewall musí znát obě tato připojení — v opačném případě by blokoval pakety jdoucí připojením, které využívá poštovní server (firewall nesmí propustit žádný neznámý paket v žádném směru).