Kerio MailServer běží výhradně na aplikační úrovni a nevykazuje žádné nízkoúrovňové konflikty s jinými programy, s výjimkou antivirového programu, který kontroluje otevírané soubory. Je-li přijat e-mail s infikovanou přílohou, poštovní server si jej uloží do dočasného souboru na disk. Antivirus jej pak může poškodit. Tomu lze předejít tak, že v antivirovém programu zakážete kontrolu adresáře, popř. disku, ve kterém jsou uložena data Kerio MailServeru (více vizte kapitolu 14 Antivirová kontrola a filtrování příloh).
Dalším rizikem může být konflikt portů (jsou-li v Kerio MailServeru zapnuty všechny služby, jsou využívány následující TCP porty: 25, 80, 110, 119, 143, 443, 465, 563, 993 a 995). Z tohoto důvodu se nedoporučuje provozovat na tomtéž počítači současně jiný poštovní, LDAP nebo WWW server. V opačném případě musí správce serveru zajistit, aby ke konfliktům portů nedošlo (např. pokud současně běží Kerio MailServer a WWW server, je doporučeno změnit port služby HTTP nebo tuto službu zastavit a povolit pouze její zabezpečenou verzi — Zabezpečený HTTP). Další možností je vyhrazení jedné nebo více IP adres pro porty, na kterých služby Kerio MailServeru poslouchají. O službách a nastavení portů se dozvíte více v kapitole 6.1 Nastavení parametrů služeb.
Bude-li Kerio MailServer provozován na firewallu nebo v chráněné lokální síti za ním, je třeba si uvědomit, že firewall do značné míry ovlivní chování poštovního serveru, resp. komunikaci s ním (např. nedostupnost některých či všech služeb). Při konfiguraci firewallu je třeba vzít v úvahu, které služby mají být zpřístupněny do Internetu, příp. do lokální sítě, a povolit komunikaci na příslušných portech (vizte výše nebo podrobněji v kapitolách 6 Služby a 29.3 Firewall).